Ejemplo

Citocromo C se encuentra en todos los organismos aerobios.

Los citocromos son proteínas que desempeñan una función vital en el transporte de energía química y catalizador de reacciones redox en todas las células vivas y se han utilizado para armar árboles filogenéticos. 

En patos y gallinas vemos que solo cambian 3 aminoácidos, y si comparamos con los humanos hay 13 diferentes aminoácidos, por lo tanto podemos ver que patos y gallinas están más emparentados que gallinas con los humanos.

Comparaciones entre ARN y ADN

 Todas las células tienen ribosomas y los genes que codifican  el arn ribosomal han cambiado muy lentamente, entonces la comparación de este ARN proporciona un indicador confiable de la similitud entre organismos.

Las secuencias del ADN mitocondrial (ADNmt) de animales vertebrados han sido estudiadas desde hace 25 años. Sólo ahora se cuenta con el genoma mitocondrial completo de muchas especies para hacer un análisis más detallado de cómo evolucionan sus secuencias y como esto influye en la construcción de árboles filogenéticos con la aplicación de los diferentes modelos matemáticos y programas bioinformáticos. En definitiva, aún existe un recurrente debate evolutivo acerca de cuáles secuencias mitocondriales son las más adecuadas de utilizar para explicar mejor los procesos que operan dentro de las especies animales.

Articulo: Análisis filogenético comparativo entre secuencias codificadoras (Cyt b y ATPasa 8) y secuencias no codificadoras (D-Loop) del ADN mitocondrial de primates y sus implicancias evolutivas en los homínidos. Carlos Scotto E.

El reloj molecular es una suposición por la cual las secuencias moleculares evolucionan a tasas constantes de manera que la cantidad de mutaciones acumuladas es proporcional al tiempo de evolución,

Así la longitud de las ramas del árbol pueden ser usadas para estimar el tiempo de divergencia Sin embargo, esta suposición raramente es válida en la realidad.

Para verificar o comparar y tener un poco mas de certeza se hacen comparaciones con arboles que se hayan obtenido del registro fósil.